Эмилбек  Каптагаев Кыргыз Республикасынын Улуттук стратегиялык изилдөөлөр институтунун директору болуп дайындалды. 

Тийиштүү буйрукка Кыргыз Республикасынын Премьер-министри Мухаммедкалый Абылгазиев кол койду. 

2010-жылы Каптагаев убактылуу бийликтин аппарат жетекчиси болуп дайындалган. 2013-жылы Ысык-Көл облусунун губернатору болгон.